Badania makrozoobentosu prowadzimy w rzekach, jeziorach oraz zbiornikach wodnych. Pobieramy próby, a następnie wykonujemy oznaczenia organizmów bezkręgowych. Na podstawie gatunków wskaźnikowych obliczamy wskaźniki bentosowe, które służą do wykonania klasyfikacji stanu/potencjału ekologicznego ekosystemów wodnych.
Makrozoobentos jest jednym z elementów służącym do oceny ekosystemów wodnych zgodnie z wytycznymi Ramowej Dyrektywy Wodnej (RDW)
