Badanie kapilaroskopowe pozwala na wczesną diagnostykę i różnicowanie zaburzeń mikrokrążenia, ocenę przebiegu choroby oraz efektów stosowanej terapii. Stanowi także cenne narzędzie przydatne do oceny zmian naczyniowych, nie tylko w przebiegu częstych schorzeń internistycznych, np. miażdżycy, cukrzycy czy chorób reumatycznych, lecz także chorób neurologicznych, dermatologicznych, a nawet niektórych chorób zawodowych powodujących uszkodzenie naczyń włosowatych.
Badanie kapilaroskopowe umożliwia nie tylko ocenę morfologii naczyń włosowatych, ich przebiegu, liczby, stopnia uporządkowania, lecz także przepływu krwi, stopnia wypełnienia kapilar i splotu żylnego oraz obecności zmian patologicznych w obrębie podścieliska. Ze względu na zasięg do kilku mikronów w głąb skóry badanie to pozwala na dynamiczną obserwację prędkości przepływu erytrocytów.
Znalazło także zastosowanie w rutynowej diagnostyce zaburzeń mikrokrążenia u chorych z zespołem Raynauda, diagnostyce różnicowej pierwotnego i wtórnego zespołu Raynauda, twardziny układowej oraz innych chorób tkanki łącznej z cechami waskulopatii.